Ett rikt mikroliv kan ses som en indikator för jordens hälsa. Rhizosfären är den del av marken som direkt påverkas av växternas rötter. Den sträcker sig i allmänhet några millimeter ut från rothåren ända upp till flera centimeter. Det är i rhizosfären som växten tar upp vatten och näringsämnen från markvätskan och avger ämnen som socker, enzymer och organiska syror. Dessa substanser hjälper till att frigöra näringsämnen från jorden eller fungerar som näring till bakterier och svampar.
Mikroorganismer i sin tur mobiliserar näringsämnen i jorden och avger växthormoner som främjar växtens tillväxt. Men det är också i rhizosfären som patogener stimuleras, växer och angriper roten. Balansen mellan främjande och hämmande organismer i rhizosfären har därför stor betydelse för förekomsten av växtsjukdomar. Mikroorganismer reagerar snabbt på växlande förhållanden i sin närmiljö och är därför känsliga för olika odlingsåtgärder under odlingsåret. Miljöfaktorer som temperatur, fuktighet, pH, syrekoncentration, andelen organiskt material, jordens näringsinnehåll, klimat och jordart påverkar jordens mikroliv